杀菌剂灌根是治疗作物根部病害的重要手段，是利用药液在土壤中达到一定的浓度，不仅杀死土壤中的有害菌，也能进入根系内部杀菌。但灌根治病一定要掌握合适的方法，否则，否则杀菌效果就会大打折扣不但收不到应有的效果，还会有副作用。
第一：土壤湿度要适合。
药剂需要灌到土壤中，土壤的干湿度对药液的吸收和作用有直接的影响。土壤太干时对药液吸收能力强，灌药后杀菌能力有限，而土壤太湿就会对药液浓度产生稀释作用。所以只有合适的土壤湿度才能使药液发挥最大效果。
第二：灌根用药。
蔬菜种植中，菜农常用的灌根药剂主要以化学药剂为主，如春雷王铜、苯醚嘧菌酯、恶霉灵等来防治立枯病、青枯病、根腐病等各种死棵烂棵病害。
但用药前要知道以下几点：
1、已使用菌肥的棚地尽量不要用杀菌剂灌根，以免将菌肥中的生物菌杀死，使菌肥失去应有的效果。或者在灌根一周或者两周后，再追施含有微生物的肥料进行补充微生物。如果根系病害严重，就要不考虑这些，必须灌根杀菌，以后在补施微生物肥料。
2、要选择针对性强，并且防效较好的杀菌剂灌根，不要盲目用药，以免延误防治时机。
3、杀菌剂尽量与氨基酸类液肥或具有刺激根系发育的激素混合施用，掌握药剂浓度的大小。浓度小了不管用，浓度大了反而会伤根。药液的浓度以不高于1500倍为宜，防止蔬菜根系周围土壤药液浓度过高，造成药害。
注意：1、铜制剂之间不混配2、酸性不与强碱性混配3、嘧菌酯不与有机硅、乳油类混用。
4、掌握好药液量的大小。实际灌根操作中，种植户往往不论是小苗还是成株，都按每株半斤的药剂量灌根，这是不正确的。一定要按照说明，配制精确的浓度来灌根，切忌估摸着来，以免出现灌根效果不好甚至发生药害的情况。
5、在使用杀菌剂灌根后，若出现药害症状时，可以浇水进行补救，以免造成较大损失。措施是迅速溜一次小水，以稀释土壤中药液浓度，而后及时淋施或者喷施生物刺激剂灌根或芸苔素内酯+高纯磷酸二氢钾喷施，以缓解药害，促使根系尽快恢复生机，帮助恢复植株长势。
第三：灌根时间。
病害预防是很重要，因为一些死棵烂棵病害发生很难治好，甚至发病后就要整棵拔除，所以灌根不一定在蔬菜发病了再灌，一般在蔬菜定植缓苗期过后要统一进行一次灌根。
第四：不要随意浇水。
1、作物根部病害已经发生的情况下，灌根前不要浇水，以防病菌会随流水进行传播，造成更多死棵。浇水还容易导致土壤透气性下降，根部缺氧，产生沤根，抗逆性降低，使病原菌更容易浸染。另外，浇水后再进行灌根，药液更难下渗，用药过多还容易使土壤透气性更差，易造成作物沤根，加剧死棵发生，所以在灌根前不宜进行浇水。
2、灌根后不宜立即浇水。因为这会使土壤中的药液很快稀释，杀菌防病效果降低。因此，在使用杀菌剂灌根后的几天内尽量不要浇水。
杀菌剂灌根虽然能防治作物根部病害，但是不可滥用。滥用杀菌剂的危害：
因为杀菌剂在杀死土壤有害菌的同时也将有益菌一同杀死，而活下来的有害菌产生免疫力，更难杀死。破坏了土壤菌群平衡。并且化学杀菌剂一般呈酸性或者碱性，栽培管理过程中滥用杀菌剂灌根，会破坏土壤原来的酸碱平衡，这不利于根系再生，致使植株生长不良。
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